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杀菌灯使用过滤棉包裹是为了避免微生物直接接触到紫外线，这样可以避免微生物受到紫外线照射后发生变异或产生耐药性，过滤棉也能起到保护杀菌灯的作用，避免水中的杂质直接接触杀菌灯，延长其使用寿命，过滤棉的包裹方式通常是将杀菌灯放入一个密封的管道中，然后覆盖上过滤棉，这样既能保护杀菌灯又能起到过滤水质的作用，通过这种方式，过滤棉能够阻挡水中的杂质和微生物，同时允许紫外线穿透过滤棉对水质进行杀菌处理。
过滤棉的原理主要是通过其纤维结构来实现过滤效果，过滤棉的纤维具有特定的细度和密度，当水通过过滤棉时，其中的杂质和微生物颗粒会被纤维拦截下来，这些颗粒被吸附在纤维表面或被困在纤维之间的空隙中，从而实现水质净化，过滤棉还可以配合其他过滤材料使用，如活性炭等，以提高过滤效果和去除水中的异味、色素等。
虽然过滤棉可以起到一定的杀菌作用，但其杀菌效果可能不如专门的杀菌设备如紫外线杀菌灯等显著，在使用过滤棉时，还需要结合其他水质处理方法来确保水质的健康和安全，定期清洗和更换过滤棉也是保持其过滤效果的重要措施。